No hay pruebas científicas de las causas de la transexualidad. Sin embargo, muchas teorías proponen que su causa tiene origen en la biología. Actualmente algunos sectores, entre los que se incluyen entidades religiosas o grupos políticos aún creen que las causas de la transexualidad son predominantemente psicológicas, aunque tampoco se han presentado pruebas concluyentes a este respecto. La transexualidad está relacionada con la identidad de género del individuo y ésta se ve afectada tanto por factores psicológicos como no psicológicos, pero estos últimos influyen en mayor medida.
Causas psicológicas propuestas
Durante la historia se han propuesto muchas causas psicológicas del origen de la transexualidad; incluyendo la de la existencia de "madres dominantes y la ausencia de la figura paterna", "padres que han deseado tener un hijo del otro sexo", "homosexualidad reprimida", "alteración emocional", "abuso sexual" Ninguna de estas teorías, sin embargo, han sido aplicadas con éxito a la mayoría de las personas transexuales y a veces ni a una minoría significativa. Muchas teorías también son desarrolladas para describir a las mujeres transexuales y, en el momento de aplicarlas a los varones transexuales, pierden su utilidad
Causas físicas
Muchas personas transexuales han asumido que hay una causa física para la transexualidad porque aseguran que, desde que recuerdan, siempre han sido varones o mujeres.
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